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le tuto
que je t'ai fait suivre, il explique la démarche pour encoder en utf-8 avec Notepad++. Après bien sûr tu enregistres le fichier.
Si tu as changé tes fichiers en dur ou si Zoo a changé son arborescence de fichiers depuis ta version Zoo à toi, tu peux en effet avoir une perte.
Si tu n'as changé que le CSS, ce devrait être bon mais fais tes tests plutôt sur une version test dupliquée à part.
Sinon, effectivement, tu réencodes tes fichiers en utf-8 un par un.