Tu ne modifies pas de fichiers, tu overrides avec la spécificité CSS. C'est d'ailleurs indispensable pour faciliter la maintenance et notamment les MAJ.
www.nosyweb.fr/outils-pour-joomla/commen...-il-faut-savoir.html
En gros, il faut retenir que par exemple :
à la priorité sur :
même si on peut penser que c'est la même chose.
Ainsi, tu n'as qu'un seul fichier CSS pour tout ton CSS perso.