Bonjour pilop et bienvenue
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En fait, lors d'une mise à jour d'une extension Joomla, cela écrase les fichiers par défaut pour justement les mettre à jour.
Je te conseille donc de créer un fichier CSS dédié à tes personnalisation CSS que tu peux placer par exemple dans le répertoire /CSS de ton template. Tu seras ainsi sûr qu'il ne sera pas écrasé et cela te permettra de vite t'y retrouver en sachant précisément ce que tu as personnalisé dans ton Joomla.