Hello,
Cela n'aura pas d'impact sur ton référencement mais en effet cela m'est déjà arrivé et cela vient il me semble de la manière dont l'extension utilise la réécriture d'URL native de Joomla. Donc à moins d'aller dans le code, il n'y a pas grand chose à faire.
Après c'est sûr qu'avec sh404SEF, tu règles le problème puisqu'avec cette extension tu fais tout ce que tu veux.
J'ai d'ailleurs fais une formation de groupe à ce sujet :
Formation Joomla SEO : Apprenez le référencement appliqué à Joomla
où je présente en détail sh404SEF