Hello C-Jay,
J'ai décommenté la ligne RewriteBase comme tu me l'as dit mais cela n'a rien fait.
J'ai fait un test, j'ai remis une ancienne base de données sans le plugin sh404sef et bizarrement les pages apparaissent. Lorsque j'ai installé le plugin en désactivant les paramètres seo natives de joomla, rien à y faire c'est la merde...